Trong chiến tranh Việt Nam

Năm 1968, giám mục chính tòa Nguyễn Kim Điền chính thức trở thành Tổng giám mục đô thành Tổng giáo phận Huế, giám mục phó nguyễn Ngọc Quang chính thức trở thành giám mục chính tòa Giáo phận Cần Thơ. Từ khi tham gia phiên họp cuối cùng của Công đồng Vatican II vào tháng 9 năm 1965, giám mục Quang đưa ra quyết định quản trị giáo phận theo tinh thần công đồng: Xây dựng một Giáo hội hiệp thông – tham gia – đồng trách nhiệm.[12]

Chấp chính giáo phận, giám mục Nguyễn Ngọc Quang nhanh chóng thành lập Hội đồng Cố vấn, Hội đồng linh mục và Tòa án Hôn phối Giáo phận. Ngoài ra, giám mục Quang gửi một số linh mục đi du học ngoại quốc, trong đó có các linh mục Emmanuel Lê Phong Thuận, Gioan Baotixita Phạm Minh Mẫn,... Trong khoảng thời gian từ năm 1970 đến năm 1975, ông đảm nhận vị trí Chưởng ấn Viện Đại học Đà Lạt.[12] Nguyễn Ngọc Quang là chưởng ấn thứ hai, kế vị giám mục Phêrô Máctinô Ngô Đình Thục không trở về Việt Nam, đồng thời cũng là Chưởng ấn cuối cùng của Học viện này.[4]

Nhằm mục đích hỗ trợ tài chính cho chủng viện và các tu viện tại giáo phận Cần Thơ, giám mục Nguyễn Ngọc Quang cho thành lập nhà máy nước đá tại Cái Răng năm 1967, sau đó lập một nhà xưởng chuyên sản xuất tàu vị yểu tại Sóc Trăng năm 1969. Giám mục Quang cũng quan tâm đến dòng Mến Thánh Giá Bình Thủy mà vị tiền nhiệm Nguyễn Kim Điền là thiết lập: cuối năm 1969, ông quyết định xây cất thêm cơ sở cho dòng này làm đệ tử viện và kể từ năm 1970, bàn giao việc huấn luyện các nữ tu cho nhà dòng. Giám mục Nguyễn Ngọc Quang cho mở rộng Tiểu chủng viện Cái Răng và khánh thành các hạng mục công trình mới vào đầu tháng 8 năm 1970. Ông cũng hỗ trợ nhân sự và tài chính để truyền giáo tại nhiều nơi và tổ chức lạc quyên để hỗ trợ tái thiết nhà thờ, mở các giáo điểm. Cuối năm 1968, giám mục Nguyễn Ngọc Quang kêu gọi giáo dân ủng hộ đóng góp để tái thiết Nhà thờ Chính tòa Cần Thơ. Nghi thức đặt viên đá đầu tiên cử hành vào dịp kỷ niệm 15 năm thành lập giáo phận, ngày 8 tháng 12 năm 1970. Cũng trong dịp này, giáo phận Cần Thơ cũng cho phát hành Kỷ yếu Giáo phận.[12]

Ngoài dòng Mến Thánh Giá, giám mục Nguyễn Ngọc Quang cũng quan tâm đến các dòng tu khác. Sau khi dòng Con Đức Bà Nam Vang phân chia thành hai dòng tại Russeykeo và Cần Thơ, tháng 7 năm 1967, Giám mục Quang ký sắc lệnh thiết lập và đặt danh hiệu mới cho phân dòng tại Cần Thơ là Dòng Con Đức Mẹ Bình Thủy - Cần Thơ. Sau biến cố năm 1970 tại Campuchia, các tu sĩ tại Russeykeo di cư đến Việt Nam, số ít xin vào phân dòng tại Cần Thơ. Giám mục Quang hỗ trợ nhà dòng 5 mẫu đất vườn gồm vườn cây ăn trái và trại chăn nuôi giáo phận Cần thơ để họ xây dựng tu viện và sinh sống. Với dòng Thánh Gia đến Việt Nam tháng 5 năm 1970. Tháng 6 năm 1973, giám mục Quang chấp thuận cho dòng này thành lập nhà Đệ tử (thứ hai) tại Cần Thơ, ông cũng quyết định giao Nhà dòng Truyền giáo thánh Phaolô tại Cái Khế cho Dòng Thánh Gia dùng làm Đệ Tử viện Thánh Gia Cần Thơ vào tháng 9 năm 1973. Giám mục Quang cũng chấp thuận và hỗ trợ dòng Thánh Gia mua lại cơ sở của Tu hội Na-Gia vào năm 1974. Ngoài các dòng tu trên, tại Cần Thơ, giám mục Nguyễn Ngọc Quang đồng ý cho một số dòng tu khác sinh hoạt tại Giáo phận.[12]

Đầu tháng 10 năm 1972, giám mục Nguyễn Ngọc Quang công bố Quy chế Hội đồng giáo xứ và yêu cầu các linh mục xúc tiến cơ cấu này trong giáo xứ và các họ đạo, nhằm mục đích thúc đẩy việc truyền giáo và sinh hoạt tôn giáo. Giữa tháng 1 năm 1973, ông cho thành lập 6 Uỷ ban của Giáo phận và thành lập thêm hai ủy ban khác vào năm 1975. Giám mục Nguyễn Ngọc Quang cũng cho thiết lập tờ báo nguyệt san Đồng Hướng, tờ này hoạt động đến năm 2003 cho tới khi linh mục Antôn Vũ Huy Chương trở thành giám mục và thông tin giáo phận chuyển sang giao diện điện tử.[12]

Sau chiến tranh Việt Nam

Sau chiến tranh Việt Nam, nhiều sự thay đổi diễn ra: nhiều giáo dân rời Việt Nam, đi đến vùng kinh tế mới, học tập cải tạo,... Nhiều giáo sĩ hồi tục, nhiều giáo sĩ du học không thể trở về Việt Nam, một số linh mục đi cải tạo và số ít linh mục xin gia nhập giáo phận. Số linh mục đầu năm 1975 là 118 suy giảm còn 86 vị vào cuối năm. Về các cơ sở tôn giáo, nhiều họ đạo không còn cơ sở tôn giáo và việc đi lại gặp nhiều hạn chế. Các hội đoàn Công giáo Tiến hành không được phép hoạt động.[12]

Ngày 6 tháng 6 năm 1975, giám mục Nguyễn Ngọc Quang tấn phong giám mục phó cho linh mục Emmanuel Lê Phong Thuận.[17] Trong Văn thư đề ngày 2 tháng 8 năm 1976, giám mục Nguyễn Ngọc Quang và Ban cố vấn đồng ý bàn giao tất cả ruộng đất của Giáo phận để Chính quyền phân phối cho dân. Giáo phận Cần Thơ chỉ còn giữ lại đất phượng tự và một ít đất cho các linh mục tu sĩ canh tác. Ngoài đất đai, các cơ sở giáo dục của giáo phận Cần Thơ cũng chuyển giao cho Nhà nước, gồm 13 trường trung học phổ thông và kỹ thuật, 38 trường tiểu học, 23 vườn trẻ. Các cơ sở khác thuộc quyền quản lý của giáo phận như y tế và xã hội bàn giao cho Nhà nước hoặc tự giải thể.[12]

Sau chiến tranh, 80 chủng sinh giáo phận đang học tại các Đại chủng viện Đà Lạt, Long Xuyên và Vĩnh Long được gọi về giáo phận. Giám mục Nguyễn Ngọc Quang áp dụng nhiều cách khác nhau để có thể phong chức cũng như đào tạo những chủng sinh này trở thành linh mục: gửi nhóm chủng sinh đã hoàn tất chương trình đến các nơi khó khăn, thiếu linh mục để giáo dân xin chính quyền cho phong chức; các chủng sinh chưa hoàn tất việc đào tạo, giám mục Quang chia họ thành các nhóm để lao động sản xuất và được linh mục nhiệm sở cho thực tập việc mục vụ. Các chủng sinh này được yêu cầu sau mỗi 4 tháng về dự khóa Thần hoc tại Đại chủng viện.[12]

Được chính quyền Việt Nam đánh giá là một nhân vật Công giáo có xu hướng hoạt động yêu nước tích cực từ lúc còn thanh niên, ở trong nước cũng như ở hải ngoại, tháng 8 năm 1977, ông cùng với Giám mục Phaolô Nguyễn Văn Bình, Tổng Giám mục giáo phận Sài Gòn, được chọn tham gia phái đoàn đi thăm Hà Nội. Tháng 1 năm 1978, ông được mời dự họp Ủy ban Trung ương Mặt trận Tổ quốc Việt Nam tại Thành phố Hồ Chí Minh.[4]

Trong thời kỳ Nguyễn Ngọc Quang quán lý giáo phận, Đại chủng viện Thánh Quý được mở cửa trở lại vào tháng 12 năm 1988 nhằm đào tạo linh mục liên giáo phận Vĩnh Long - Long Xuyên và Cần Thơ.[17] Ngày 20 tháng 6 năm 1990, Giám mục Giacôbê Nguyễn Ngọc Quang qua đời tại Tòa giám mục Cần Thơ, thọ 81 tuổi.[11] Thi hài ông được an táng tại Nhà thờ chính tòa Cần Thơ.[18][19]